Σε κάθε περίπτωση θα τηρείται η αναλογία ελέγχου κατά 60% των υποθέσεων της τελευταίας πενταετίας και κατά 40% για την προγενέστερη περίοδο.
Προβλέπεται ακόμη ότι οι Προϊστάμενοι των Ελεγκτικών Υπηρεσιών, εφόσον από τα στοιχεία ή τις πληροφορίες που έχουν στη διάθεση τους κρίνουν ότι συντρέχει βάσιμος λόγος ελέγχου κατά προτεραιότητα υποθέσεων μη προτεραιοποιημένων, υποχρεούνται, το αργότερο εντός είκοσι εργασίμων ημερών από την ανάρτηση των προτεραιοποιημένων υποθέσεων της υπηρεσίας τους, να εισάγουν την προκρινόμενη υπόθεση σε σειρά κατάταξης ανάλογα με τη σημαντικότητα της, συνεκτιμώντας και τη σοβαρότητα των υποθέσεων που ανακατατάσσονται.
Ο νέος τρόπος επιλογής των υποθέσεων ισχύει και για υποθέσεις που δημιουργήθηκαν από τις 16/3/2017 μέχρι την ανάρτηση στην εφαρμογή Elenxis των προτεραιοποιημένων υποθέσεων, καθώς και για υποθέσεις που βρίσκονται στις ελεγκτικές υπηρεσίες και οι οποίες δεν απεικονίζονται στο Ο.Π.Σ. Elenxis (όπως Εισαγγελικές Παραγγελίες, πληροφοριακά δελτία, πληροφοριακές εκθέσεις του Σ.Δ.Ο.Ε., προσαύξησης περιουσίας).
Στην απόφαση διευκρινίζεται ότι ανεξάρτητα από τις προτεραιοποιημένες υποθέσεις ο έλεγχος θα ολοκληρώνονται άμεσα στις ακόλουθες υποθέσεις:
i) Υποθέσεις που αφορούν σε εκθέσεις των Υ.Ε.Δ.Ε.Ε..
ii) Υποθέσεις που αφορούν σε επιστροφές φόρων.
iii) Υποθέσεις για τις οποίες έχει εκδοθεί σημείωμα διαπιστώσεων με τα αποτελέσματα του φορολογικού ελέγχου και προσωρινός προσδιορισμός φόρων και προστίμων κατά τη δημοσίευση της παρούσας.
iv) Υποθέσεις για τις οποίες επίκειται η έκδοση σημειώματος διαπιστώσεων και του προσωρινού προσδιορισμού φόρου και προστίμου, συνεκτιμώντας αιτιολογημένα στο Ο.Π.Σ. Elenxis και τα οριζόμενα στο τελευταίο εδάφιο της παραγράφου 4 της παρούσας.
v) Υποθέσεις που αφορούν σε διενέργεια μερικού επιτόπιου ελέγχου διαπίστωσης της εκπλήρωσης των φορολογικών υποχρεώσεων, της τήρησης των βιβλίων και της έκδοσης των φορολογικών στοιχείων, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις, για φορολογουμένους που ασκούν οποιαδήποτε δραστηριότητα ή διακινούν αγαθά, για τις οποίες εκκρεμεί η σύνταξη εκθέσεων ελέγχου ή/και η έκδοση πράξεων.
vi) Υποθέσεις που αφορούν σε διασταυρωτικούς ελέγχους ενδοκοινοτικών συναλλαγών (VIES), υποθέσεις πολυμερών (ταυτόχρονων) ελέγχων που διενεργούνται από ελληνικές και αλλοδαπές φορολογικές αρχές, διενέργεια ελέγχου στο πλαίσιο επανάληψης διαδικασίας καθώς και σε εκτέλεση προδικαστικής απόφασης.
Στην απόφαση προβλέπεται ότι η Διεύθυνση Ελέγχων, δύναται να διαβιβάζει δείγμα υποθέσεων που έχουν προτεραιοποιηθεί από τους Προϊσταμένους των ελεγκτικών υπηρεσιών, το οποίο δεν μπορεί να υπερβεί συνολικά το 5% αυτών, στη Διεύθυνση Εσωτερικών Υποθέσεων για τις δικές της ενέργειες κατά λόγο αρμοδιότητας.
Αριθμός Πιστοποίησης Μ.Η.Τ.232163