Ο καθηγητής δολοφονήθηκε στην Πάτρα,από το μέλος της ΟΝΝΕΔ, Γιάννη Καλαμπόκα στη διάρκεια των μαθητικών κινητοποιήσεων της περιόδου 90-91.
Κατά τη διάρκεια επεισοδίων που σημειώθηκαν σε υπό κατάληψη Σχολικό Συγκρότημα στις 8 Ιανουαρίου 1991 ο Νίκος Τεμπονέρας πέφτει τραυματισμένος στο κεφάλι, από το σιδερολοστό του Καλαμπόκα.
Μεταφέρεται στο νοσοκομείο κλινικά νεκρός και το πρωί της 9ης Ιανουαρίου παύουν όλες οι ζωτικές λειτουργίες του.
Ο Καλαμπόκας καταδικάστηκε πρωτόδικα για ανθρωποκτονία εκ προθέσεως σε ισόβια κάθειρξη ενώ αργότερα η ποινή του μειώθηκε σε 17 χρόνια και 3 μήνες. Τελικά ύστερα από αναίρεση της απόφασης από τον Άρειο Πάγο, σε 16 χρόνια και 9 μήνες. Αποφυλακίστηκε περίπου 7 χρόνια αργότερα, έχοντας εκτίσει τα 3/5 της ποινής που του επιβλήθηκε.
Το τότε Σχολικό Συγκρότημα 3ου & 7ου Γυμνασίου και Λυκείου Πάτρας και νυν 3ο Γυμνάσιο Πάτρας, όπου δολοφονήθηκε ο καθηγητής σήμερα φέρει το όνομά του.
Ο Γιάννης Καλαμπόκας ζει και εργάζεται στον Βόλο.
Ανακοίνωση για την επέτειο του θανάτου του εξέδωσε και το Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων:
Σήμερα 8 Ιανουαρίου, το Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων τιμά τη μνήμη του καθηγητή Νίκου Τεμπονέρα. 25 χρόνια μετά τη δολοφονία του, ο Νίκος Τεμπονέρας συνεχίζει να μας διδάσκει με το παράδειγμά του, την αγωνιστική του στάση και την θυσία του.
Μέχρι και σήμερα συνεχίζει να μας εμπνέει και να μας θέτει επιτακτικά το αίτημα για μια δικαιότερη και καλύτερη παιδεία, το αίτημα για έναν καλύτερο κόσμο.