Το WWF Ελλάς και άλλες ΜΚΟ ζητούσαν από το Συμβούλιο της Επικρατείας να ανασταλούν τα έργα της εκτροπής του Αχελώου, όπως τα έργα αποπεράτωσης του φράγματος της Συκιάς, έργα της ΔΕΗ κ.α. Από τις 10 Φεβρουαρίου 2010 αναστέλλονται προσωρινά τα έργα εκτροπής του Αχελώου με απόφαση της Ολομέλειας του Τμήματος Αναστολών του Συμβουλίου της Επικρατείας. Το Δημόσιο ισχυρίζεται ότι η διακοπή των εργασιών θα έχει οικονομικές συνέπειες σε βάρος του Δημοσίου λόγω διάλυσης της σύμβασης, που ανέρχεται περίπου στο 1 εκατ. Ευρώ. Η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας τρεις φορές έχει κυρώσει τις σχετικές υπουργικές αποφάσεις για τα έργα εκτροπής του Αχελώου (1994, 2000 και 2005). Όμως το ΣτΕ θα ασχοληθεί εκ νέου με την εκτροπή του Αχελώου, ενώ αναμένεται να σταλούν οι σχετικές απαντήσεις από το Δικαστήριο των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων.
Το ΣτΕ αποδέχτηκε την αίτηση του «Παγκόσμιου Ταμείου για τη Φύση» (WWF Ελλάς), αναγνωρίζοντας ότι με τη λειτουργία των έργων θα επέλθει περαιτέρω επιδείνωση του φυσικού περιβάλλοντος, κλονισμός του οικοσυστήματος και επιβάρυνση του ποταμού. Οι περιβαλλοντικές οργανώσεις υποστηρίζουν ότι η συνέχιση των έργων θα έχει ως αποτέλεσμα να κλονισθεί ανεπανόρθωτα η φέρουσα ικανότητα του Αχελώου, να αλλάξει το κλίμα λόγω της δημιουργίας τεχνητών λιμνών, με επιπτώσεις στο Δέλτα και τη Λιμνοθάλασσα Μεσολογγίου-Αιτωλικού, να υποβαθμισθεί η βιοποικιλότητα της Πίνδου, να εκλείψει ολόκληρος ο οικισμός της Μεσοχώρας και τμήματα πολλών άλλων παρόχθιων οικισμών και να αφανισθούν δάση και δασικές εκτάσεις επιφάνειας 17.510 στρεμμάτων από την αποψίλωση, που θα διενεργηθεί για την πλήρωση των ταμιευτήρων.
Εδώ και 18 χρόνια, οι ΜΚΟ ισχυρίζονται ότι η εκτροπή Αχελώου αποτελεί ντροπή για τη χώρα, καθώς, μεταξύ άλλων:
–Ενέχει υπέρογκο οικονομικό κόστος. Σε καιρό κοινωνικά επώδυνης οικονομικής κρίσης, ο ελληνικός λαός καλείται να πληρώσει εκατοντάδες εκατομμύρια ευρώ επιπλέον για την ολοκλήρωση των έργων, χωρίς να έχει καν προηγηθεί σχεδιασμός για τη χρήση του νερού όταν και αν φτάσει στον θεσσαλικό κάμπο.
-Επιφυλάσσει εξαιρετικά σοβαρές οικολογικές επιπτώσεις, ειδικά για τα ευαίσθητα λιμναία οικοσυστήματα, που τροφοδοτούνται από τον Αχελώο, δηλαδή την Τριχωνίδα και τη Λυσιμαχεία.
-Χαρακτηρίζεται από επικίνδυνο λαϊκισμό. Η Θεσσαλία δεν χρειάζεται τον Αχελώο για να αρδευτεί. Η Θεσσαλία έχει άμεση και απόλυτη ανάγκη από έργα προστασίας και σωστής διαχείρισης των υδάτινων πόρων που διαθέτει, καθώς και από αναδιάρθρωση των καλλιεργειών, ειδικά υπό τις συνθήκες που διαμορφώνονται από την κλιματική αλλαγή και τις νέες πολιτικές της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
