Ο Γιάννης Λαγός στην απολογία του αναφέρει οτι η δίωξή του είναι πολιτική με σκοπό την εξόντωση της Χρυσής Αυγής.
Αρνήθηκε οποιαδήποτε σχέση με τα επίθεση στο Πέραμα ενώ για τη δολοφονία Φύσσα είπε ότι οι τηλεφωνικές συνομιλίες μεταξύ του ιδίου και του Γιώργου Πατέλη, πριν τη δολοφονία, αφορούσαν λεπτομέρειες για την επικείμενη επίσκεψη του Νίκου Μιχαλολιάκου στη Νίκαια και μία προγραμματισμένη διανομή τροφίμων. Για την ανταλλαγή κλήσεων με τον ΓΓ της Χρυσής Αυγής στις 00.37, δεν απάντησε.
Όσον αφορά τα τηλεφωνήματα μετά τη δολοφονία Φύσσα, ο Γιάννης Λαγός είπε: “είχα έντονο διάλογο με τον Πατέλη, απαιτώντας να ενημερωθώ με λεπτομέρειες για το τι πραγματικά είχε συμβεί, ώστε να είμαι σε θέση να γνωρίζω αν υπάρχει οποιαδήποτε ανάμειξη ή εμπλοκή της Νίκαιας στο περιστατικό διότι, όπως φαινόταν δεν μου είχε πει όλη την αλήθεια ή τουλάχιστον δεν μου είχε εκθέσει όλα τα περιστατικά…”
Για τα τηλεφωνήματα με την Μπενέκη είπε “είναι μνηστή μου και φυσιολογικά έχω συχνή επικοινωνία μαζί της”.
Στην απολογία του ο Γιάννης Λαγός χαρακτηρίζει αναξιόποιστους τους μάρτυρες που μίλησαν για στρατιωτικού τυπου εκπαίδευση και τις καταθέσεις τους “ψευδείς και συκοφαντικές”.
Για το “εγέρθητι” λέει οτι “πρόκειται για μια αυθόρμητη κίνηση τη δεδομένη χρονική στιγμή την οποία εγώ δεν μπορώ να εξηγήσω”.
Για το καταστατικό της Χρυσής Αυγής και το σκαρίφημα με τίτλο “Πρωτεσίλαος” αναφέρει οτι το είδε για πρώτη φορά όταν έλαβε αντίγραφα της δικογραφίας.