Αν και παρακρατήθηκαν οι εισφορές μόνιμων εκπαιδευτικών της Σιβιτανιδείου Σχολής, ουδέποτε αποδόθηκαν στα ταμεία του Δημοσίου.
2.589.000 ευρώ παρακρατήθηκαν απο 255 μόνιμους εκπαιδευτικούς της Σιβιτανιδείου Σχολής αλλά ποτέ δεν αποδόθηκαν στα ταμεία του Δημοσίου, σύμφωνα με το πόρισμα των επιθεωρητών του υπουργείου οικονομικών.
Η υπόθεση αφορά την περίοδο 2005-2007 και επτά μήνες του 2009. Σύμφωνα με τα στοιχεία των επιθεωρητών που παρουσίασε το MEGA, οι εισφορές θα έπρεπε να έχουν καταβληθεί στο επικουρικό, στο μετοχικό και στο ταμείο πρόνοιας κάτι που ποτέ δεν έγινε. Οι διοικούντες στη Σχολή ισχυρίστηκαν πως τα χρήματα απο τις εισφορές χρησιμοποιήθηκαν για άλλες λειτουργικές δαπάνες καθώς δεν έπαιρναν επαρκείς επιχορηγήσεις απο το κράτος. Σύμφωνα όμως με τους επιθεωρητές, οι δαπάνες αυτές κάλυψαν μόνο το 10% των αναγκών τις σχολής και τα υπόλοιπα χρήματα χρησιμοποιήθηκαν για τη μισθοδοσία περίπου 150 εκπαιδευτικών που προσελήφθησαν …απο την πίσω πόρτα.
Για το θέμα έχει ήδη ενημερωθεί η Αρχιεπισκοπή Αθηνών αφού σύμφωνα με τη νομοθεσία πρόεδρος του διοικητικού συμβουλίου της Σχολής είναι ο εκάστοτε Αρχιεπίσκοπος.