Αποτελεί ένα από τα μεγαλύτερα έργα στην ιστορία της μηχανικής, σύμφωνα με τον Ηρόδοτο και αποτελεί αντιπροσωπευτικό δείγμα του υψηλού επιπέδου γνώσεων που είχαν οι αρχαίοι Έλληνες μηχανικοί.
Ο λόγος για το Ευπαλίνειο όρυγμα, που προκαλεί θαυμασμό ακόμα και σήμερα για την αρτιότητα του, καθώς τις πρωτοποριακές μεθόδους που χρησιμοποιούσαν οι αρχαίοι Έλληνες.
Το Ευπαλίνειο όρυγμα είναι μια σήραγγα, που διανοίχθηκε στο σκληρό ασβεστολιθικό πέτρωμα του λόφου, μήκους 1.036 μέτρων κοντά στο Πυθαγόρειο της Σάμου, κατά τον 6ο αιώνα π.Χ. για να χρησιμεύσει ως υδραγωγείο.
Το ιδιαίτερο χαρακτηριστικό της σήραγγας ήταν ότι πραγματοποιήθηκε ταυτόχρονη διάνοιξη και από τις δύο πλευρές του λόφου, βόρεια και νότια.
To όρυγμα αυτό ήταν αμφίστομον, όπως το χαρακτήρισε χαρακτηριστικά ο Ηρόδοτος. Τα δύο συνεργεία συναντήθηκαν περίπου στο μέσον περίπου της σήραγγας με αξιοθαύμαστη ακρίβεια, κάτι που ήταν σημαντικό επίτευγμα για τα τεχνολογικά δεδομένα της εποχής.
Το υδραγωγείο εξυπηρέτησε τις ανάγκες της αρχαίας πόλης για περίπου 1.100 χρόνια. Όμως σταδιακά, και παρά τις προσπάθειες καθαρισμού, οι πήλινοι αγωγοί έφραξαν με άλατα, εξαιτίας της μεγάλης περιεκτικότητας ασβεστίου στο νερό της πηγής, και το υδραγωγείο εγκαταλείφθηκε. Στα ρωμαϊκά χρόνια, ίσως στους χρόνους του Αδριανού, κατασκευάστηκε ένα νέο υδραγωγείο που έφερνε στην πόλη νερό από την πηγή Ζάστανο, βόρεια των Μύλων.
Τον 7ο αι. μ.Χ. η σήραγγα χρησιμοποιήθηκε ως καταφύγιο των κατοίκων του νησιού, για να προστατευθούν από τις επιδρομές των Περσών (627 μ.Χ.) και των Αράβων (666 μ.Χ.).
Το όρυγμα, το οποίο είχε χαθεί με την πάροδο των αιώνων, εντοπίστηκε ξανά το 1853, ενώ ο καθαρισμός του ξεκίνησε το 1882. Από τότε διερευνάται και μελετάται ως το σημαντικότερο τεχνικό έργο της αρχαίας Ελλάδας. Περιλαμβάνεται στα μνημεία της αρχαίας πόλης Σάμου που έχουν εγγραφεί στον κατάλογο Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς (UNESCO), ενώ έχει χαρακτηριστεί και ως «Παγκόσμιο Σηραγγολογικό Τοπόσημο» από τη Διεθνή Ένωση Σηράγγων.
Η κατασκευή του ορύγματος έγινε με εντολή του τυράννου Πολυκράτη και εκτιμάται ότι η κατασκευή του κράτησε 10 χρόνια. Ο σχεδιαστής και μηχανικός του έργου ήταν ο Ευπαλίνος, γιος του Ναυστρόφου από τα Μέγαρα. Το άνοιγμα της σήραγγας είναι περίπου 1.80 x1.80 μ. και το μήκος της 1036 μέτρα. Μερικά μέτρα κάτω από την κύρια σήραγγα έχει σκαφτεί μια μικρότερη, από την οποία περνούσε το νερό.
Εκτιμάται ότι ο σκοπός του ορύγματος ήταν όχι μόνο να μεταφερθεί νερό από την πηγή πίσω από το βουνό προς στην πρωτεύουσα της Σάμου (το σημερινό Πυθαγόρειο), αλλά αυτό να γίνει με τρόπο που δεν ήταν ανιχνεύσιμος από επιδρομείς, οι οποίοι θα μπορούσαν εύκολα, αν έβλεπαν τον επιφανειακό αγωγό, να τον καταστρέψουν και να στερήσουν την πόλη από τον βασικότερο πόρο της. Από το όρυγμα λοιπόν το νερό οδηγούνταν μέσα από το τείχος της πόλης.
Ο λόγος για τον οποίο υπάρχουν δυο παράλληλες σήραγγες, είναι ότι κατά το χρόνο σχεδιασμού και υλοποίησης του έργου η πηγή βρισκόταν σε ορισμένο ύψος (υψηλότερο από το επίπεδο της στοάς), αλλά μετά την κατασκευή της κύριας στοάς, η πηγή άρχισε να αναβλύζει χαμηλότερα, συνεπώς δε μπορούσε πλέον με φυσική ροή να οδηγηθεί στη στοά αυτή. Για το λόγο αυτό έγινε αναγκαία η διάνοιξη μιας βοηθητικής, μικρότερης σήραγγας, σε χαμηλότερο επίπεδο. Η μικρότερη σήραγγα διανοίχτηκε μέσα από την κύρια στοά, με τη βοήθεια κάθετων ορυγμάτων.
Ο Ηρόδοτος, η μοναδική πηγή που έχουμε για το Ευπαλίνειο όρυγμα, περιγράφει και την κύρια αλλά και τη βοηθητική σήραγγα.
Αριθμός Πιστοποίησης Μ.Η.Τ.232163