Τον τρόπο υπολογισμού της αποζημίωσης που θα πρέπει να εισπράττουν τα ΚΤΕΛ από το κράτος έλυσε το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ) λόγω των μειωμένων ή δωρεάν εισιτηρίων των φοιτητών, μαθητών, πολυτέκνων, αναπήρων πολέμου, κλπ., και δικαίωσε (πιλοτικές αποφάσεις 221-223/2023) τα ΚΤΕΛ Ηρακλείου, Λάρισας και Ιωαννίνων, που είχαν προσφύγει στα διοικητικά δικαστήρια.
Ως πιλοτική δίκη, το ΣτΕ έκρινε ότι ο υπολογισμός της αποζημίωσης που θα πρέπει να λαμβάνουν τα ΚΤΕΛ λόγω των δωρεάν ή μειωμένων εισιτηρίων, είναι η διαφορά που προκύπτει μεταξύ του αντιτίμου του δωρεάν ή μειωμένου κομίστρου, και του πλήρους εισιτηρίου.
Συγκεκριμένα, έχει θεσπιστεί η υποχρέωση των υπουργείων Οικονομίας, Οικονομικών και Μεταφορών, να εκδίδουν κάθε έτος κοινή απόφαση για την καταβολή από το Ελληνικό Δημόσιο, αποζημίωσης στις Κ.Τ.Ε.Λ. Α.Ε. και τα Κ.Τ.Ε.Λ., λόγω της χορήγησης δωρεάν ή μειωμένης τιμής εισιτηρίων σε ειδικές κατηγορίες επιβατών, όπως φοιτητών, σπουδαστών, μαθητών, πολυτέκνων, αναπήρων πολέμου, πασχόντων από χρόνιες παθήσεις και των συνοδών τους, κλπ.. Και αυτό, προκειμένου να καλυφθεί η ζημία των ΚΤΕΛ («απώλειες εσόδων») από τη δωρεάν ή με μειωμένο κόμιστρο μεταφορά των συγκεκριμένων εν λόγω κατηγοριών επιβατών.
Σύμφωνα με το Α΄ Τμήμα του ΣτΕ, με πρόεδρο την Σπυριδούλα Χρυσικοπούλου (αντιπρόεδρο του ΣτΕ) και εισηγήτρια την Κωνσταντίνα Κονιδιτσιώτου (σύμβουλο επικρατείας) «ο υπολογισμός του ποσού της αποζημίωσης προκύπτει ευθέως και κατά τρόπο σαφή από το νόμο και την οικεία αιτιολογική έκθεση, ισούται δε, με το σύνολο της διαφοράς μεταξύ του αντιτίμου των κατά περίπτωση εκδοθέντων την αντίστοιχη χρονική περίοδο δωρεάν ή μειωμένης τιμής εισιτηρίων και του πλήρους κομίστρου».
Τα ΚΤΕΛ Ηρακλείου, Λάρισας και Ιωαννίνων, διεκδικούν συνολικά 8.762.251 ευρώ για την τριετία 2008-2011, καθώς οι αποζημιώσεις είχαν περιοριστεί λόγω της μεγάλης δημοσιονομικής κρίσης.
Το ΣτΕ, αφού επίλυσε τον τρόπο εξεύρεσης της αποζημίωσης των ΚΤΕΛ, ανέπεμψε τις υποθέσεις στα διοικητικά δικαστήρια για οριστική επίλυση υποθέσεων που εκκρεμούν στην διοικητική δικαιοσύνη και των λοιπών ΚΤΕΛ.