Λόγω αντισυνταγματικότητας το ζήτημα παραπέμφθηκε στην Ολομέλεια του Ανωτάτου Ακυρωτικού Δικαστηρίου για οριστική κρίση.
Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο έχουν προσφύγει διευθυντές σχολικών μονάδων πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης καιη Πανελλήνια Ένωση Διευθυντών Εκπαίδευσης. Οι προσφεύγοντες ζητούν να ακυρωθεί η από 19.5.2015 απόφαση του αναπληρωτή υπουργού Παιδείας (εκδόθηκε σε εφαρμογή του νόμου 4327/2015) με την οποία καθορίστηκε η διαδικασία υποβολής αιτήσεων και επιλογής διευθυντών σχολικών μονάδων και εργαστηριακών κέντρων.
Αξίζει να σημειωθεί ότι ζητούσαν επιπλέον να ακυρωθούν και δύο εγκύκλιοι του αναπληρωτή υπουργού Παιδείας, αλλά το Γ΄τμήμα του ΣτΕ έκρινε ότι έχουν απλώς ερμηνευτικό χαρακτήρα και δεν μπορούν δικαστικά να προσβληθούν και έτσι το αίτημά τους αυτό απορρίφθηκε.
Μεταξύ άλλων η απόφαση του Γ΄τμήματος με την οποία το ζήτημα στέλνεται στην Ολομέλεια του ΣτΕ για οριστική κρίση αναφέρει πως η αντισυνταγματικότητα του νομοθετικού πλαισίου επιλογής διευθυντών σχολικών μονάδων, ανάγεται στο ότι η διαδικασία επιλογής και τοποθέτησης από το σύλλογο διδασκόντων προβλέπεται με μυστική ψηφοφορία.
Χαρακτηριστικά οι σύμβουλοι επικρατείας αναφέρουν πως «η διαδικασία της μυστικής ψηφοφορίας ως διαδικασία αναδείξεως οργάνων εν γένει διοικήσεις προσιδιάζει σε αυτοδιοικούμενες μονάδες ή είναι πρόσφορή σε περίπτωση αναδείξεως εκπροσώπων στα όργανα αυτά, όχι όμως στις σχολικές μονάδες της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, οι οποίες ανήκουν εκ του Συντάγματος στην αποκλειστική αρμοδιότητα του κράτους, η διοίκηση των οποίων πρέπει να αναδεικνύεται στο πλαίσιο διαφανούς και αντικειμενικής διαδικασίας, κατάλληλης για την διασφάλιση της ενιαίας και ομοιόμορφης εφαρμογής των οριζομένων κριτηρίων».
Επιπλέον, το ΄Γ τμήμα του Στε έκρινε ότι ο νέος τρόπος επιλογής είναι αντίθετος στις συνταγματικές αρχές «της ισότητας, της αξιοκρατίας και δη στην αρχή της ελεύθερης προσβάσεως και σταδιοδρομίας κάθε ¨Έλληνα στις δημόσιες θέσεις κατά τον λόγο της προσωπικής του αξίας και ικανότητας, διότι δεν εξασφαλίζονται οι προϋποθέσεις αξιοκρατικής κρίσεως και αφετέρου δεν καθίσταται γνωστή στους υποψήφιους και ελέγξιμη από τον ακυρωτικό δικαστή, εν όψει του κατά το άρθρο 20 παράγραφος 1 του Συντάγματος δικαιώματος παροχής έννομης προστασίας και του άρθρου 95 παράγραφος 1 του Συντάγματος περί κατοχυρώσεως της αιτήσεως ακυρώσεως ενώπιον του ΣτΕ, η αξιολόγηση των υποψηφίων ως προς το μνησθέν κριτήριο».