Το ΣτΕ απέρριψε ως αβάσιμους όλους του ισχυρισμούς των προσφευγόντων και έκρινε ότι η επίμαχη υπουργική απόφαση δεν παραβιάζεται καμία συνταγματική διάταξη και δεν προσκρούει στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ). Σημειώνεται πως η επίμαχη υπουργική απόφαση του υπουργού Απασχόλησης καθορίζει το ποσοστό επί των ετησίων ακαθαρίστων εσόδων των ιερών παρεκκλησίων και των εξωκκλησίων που περιέρχεται στον ΤΠΟΕΚΕ του ΤΠΔΥ για την καταβολή εφάπαξ βοηθήματος στους ασφαλισμένους του οι οποίοι συνταξιοδοτούνται λόγω γήρατος ή οριστικής αναπηρίας.
Από την πλευρά της Αρχιεπισκοπής Αθηνών υποστηριζόταν στην προσφυγή ότι με την επίμαχη υπουργική απόφαση θεσπίζεται κατά παραβίαση της αρχής της ίσης μεταχειρίσεως των θρησκευτικών κοινοτήτων στη χώρα (άρθρα 4 και 13 του Συντάγματος, όπως και 9 και 11 ΕΣΔΑ), κατά το σκέλος που οι άλλες ετερόδοξες και ετερόθρησκες θρησκευτικές κοινότητες οι οποίες δραστηριοποιούνται στην Ελλάδα και ως εργοδότες απασχολούν και οφείλουν ασφαλιστικές εισφορές πρόνοιας ή αποδίδουν κρατήσεις για τη χορήγηση εφάπαξ βοηθήματος στους θρησκευτικούς λειτουργούς τους, δεν επιβαρύνονται με επιπλέον κράτηση επί των ακαθαρίστων εσόδων τους.
Το ΣτΕ απέρριψε ως αβάσιμο τον ισχυρισμό αυτό περί παραβιάσεως των εν λόγω Συνταγματικών διατάξεων, επισημαίνοντας ότι «κατά την επιβολή εισφοράς για τους σκοπούς της κοινωνικής ασφάλισης, ο νομοθέτης διαθέτει ευρεία διακριτική ευχέρεια και δεν δεσμεύεται από την αρχή της ισότητας για την επιλογή εκείνων των νομικών προσώπων που θα βαρύνει η επιβαλλόμενη εισφορά, εφόσον η επιλογή του αυτή δικαιολογείται από λόγους δημοσίου συμφέροντος, ενεργείται με βάση γενικά και αντικειμενικά δεδομένα και δεν καταργεί εν τοις πράγμασι τη δυνατότητά τους να εκπληρώνουν τους σκοπούς τους οποίους επιδιώκουν».
Επιπλέον στην απόφαση τονίζεται πως η επιβολή της εν λόγω εισφοράς «δεν αποτελεί παρά συνέχιση της μακράς παράδοσης συμβολής των Ιερών παρεκκλησίων και εξωκκλησίων στο σχηματισμό κεφαλαίου για την καταβολή εφάπαξ βοηθήματος στους κληρικούς, ανεξαρτήτως των λοιπών επιβαρύνσεων τόσο των ίδιων όσο και των λοιπών ενοριακών και μη ναών». Επιπλέον, σημειώνεται πως η επιβολή της εν λόγω εισφοράς «δεν αποτελεί παρά συνέχιση της μακράς παράδοσης συμβολής των Ιερών παρεκκλησίων και εξωκκλησίων στο σχηματισμό κεφαλαίου για την καταβολή εφάπαξ βοηθήματος στους κληρικούς, ανεξαρτήτως των λοιπών επιβαρύνσεων τόσο των ίδιων όσο και των λοιπών ενοριακών και μη ναών». Ακόμη αναφέρει το ΣτΕ, ότι η επιβολή της εν λόγω εισφοράς «δεν αποτελεί παρά συνέχιση της μακράς παράδοσης συμβολής των Ιερών παρεκκλησίων και εξωκκλησίων στο σχηματισμό κεφαλαίου για την καταβολή εφάπαξ βοηθήματος στους κληρικούς, ανεξαρτήτως των λοιπών επιβαρύνσεων τόσο των ίδιων όσο και των λοιπών ενοριακών και μη ναών».