Την έντονη αντίδραση των εκπροσώπων της Εκκλησίας της Ελλάδος και τηςΕκκλησίας της Κύπρου προκάλεσε η προκλητική ενέργεια του Γενικού Γραμματέα του Συμβουλίου Ευρωπαϊκών Εκκλησιών (δεύτερος από αριστερό στη φωτογραφία) που εμφάνισε χάρτη της Ευρώπης με την Κύπρο να απουσιάζει και την FYROM ως «Μακεδονία».
Τόσο ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας κ. Χρυσόστομος που εκπροσωπούσε την Εκκλησία της Ελλάδος, όσο και ο εκπρόσωπος της Εκκλησίας της Κύπρου Επίσκοπος Νεαπόλεως κ. Πορφύριος κατέθεσαν κοινή δήλωση διαμαρτυρίας για το γεγονός και εξέφρασαν την δυσαρέσκεια τους, τονίζοντας ότι δεν πρέπει να αναφύονται τέτοιες καταστάσεις.