Για το θέμα της διοίκησης του Ιδρύματος έχει ανακύψει κόντρα μεταξύ Εκκλησίας και Κυβέρνησης μετά την απόφαση τον περασμένο Φεβρουάριο του υπουργού Παιδείας Κώστα Γαβρόγλου, να κάνει αποδεκτή την βουλευτική τροπολογία (εντάχθηκε στο νόμο 4521/2018) με την οποία το Πανελλήνιο Ιερό Ίδρυμα Ευαγγελιστρίας Τήνου επιστρέφει στο προ του 2014 καθεστώς, δηλαδή μετατρέπεται από εκκλησιαστικό ίδρυμα σε Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου και περιέρχεται στον κρατικό έλεγχο και εποπτεία.
Με διάταξη του ίδιου νόμου καταργείται η συμμετοχή του επιχώριου Μητροπολίτη Σύρου και προέδρου του Ιδρύματος στη ψηφοφορία μεταξύ των μελών της διοικούσας επιτροπής για την ανάδειξη του αντιπροέδρου και του γενικού γραμματέας του Ιδρύματος.
Στη συνέχεια με απόφαση του συντονιστή αποκεντρωμένης διοίκησης Αιγαίου Νίκου Θεοδωρίδη, προκηρυχθήκαν εκλογές για την 22α Ιουλίου 2018 μόλις επτά μήνες μετά από τις προηγούμενες, για την ανάδειξη νέας 9μελούς διοικούσας επιτροπής στο Ίδρυμα και την ανάδειξη πέντε αναπληρωματικών μελών της.
Στο ΣτΕ έχουν προσφύγει ο ex officio πρόεδρος του Ιδρύματος Μητροπολίτης Σύρου Δωρόθεος Β’, ο αντιπρόεδρος, ο γενικός γραμματέας και δυο μέλη της διοικούσας επιτροπής οι οποίοι εξελέγησαν κατά τις αρχαιρεσίες που διενεργήθηκαν την 10η Δεκεμβρίου 2017 και είχαν θητεία σε βάθος χρόνου μιας τριετίας (μέχρι 31.12.2020).
Σήμερα (19.07.2018), το Τμήμα Αναστολών του ΣτΕ με πρόεδρο τον αντιπρόεδρο Γεώργιο Παπαγεωργίου και εισηγήτρια τη σύμβουλο Επικρατείας Μαρίνα Παπαγεωργίου εξέδωσαν την υπ΄ αριθμ. 200/2018 απόφασή του, με την οποία έκανε δεκτή μερικά την αίτηση αναστολή του Μητροπολίτη Σύρου Δωροθέου Β’, κ.λπ.
Ειδικότερα, οι σύμβουλοι Επικρατείας, κατ΄αρχάς, έκριναν ότι δεν μπορούν να χορηγήσουν αναστολή ως προς σκέλος που αφορά την διεξαγωγή των εκλογών την ερχόμενη Κυριακή, ωστόσο, δεδομένου μάλιστα ότι κατά το αμέσως προσεχές χρονικό διάστημα πραγματοποιούνται στην Τήνο δυο μεγάλες πανηγύρεις (του Οράματος της Οσίας Πελαγίας, στις 23 Ιουλίου και του Δεκαπενταύγουστου (της Παναγίας) όπου στην Τήνο συρρέουν χιλιάδες πιστοί, διατάχθηκε η διοίκηση να πραγματοποιείται από την υφισταμένη διοικούσα επιτροπή μέχρι 30 Οκτωβρίου 2018 που θα αναλάβει καθήκοντα η νέα διοικούσα επιτροπή η οποία θα αναδειχθεί από τις εκλογές της ερχόμενης Κυριακής.