Η υπόθεση του έργου της εκτροπής του Αχελώου εισήχθη στο Δικαστήριο της ΕΕ, με τον αριθμό. C-43/01, όπως ανακοίνωσε η Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Αιτωλοακαρνανίας.
Σύμφωνα με την «Ελευθεροτυπία», στην επίσημη εφημερίδα της ΕΕ (σειρά C), δημοσιεύτηκαν τα προδικαστικά ερωτήματα που υπέβαλλε στο Δικαστήριο της ΕΕ, το Συμβούλιο της Επικρατείας στην υπόθεση της νομιμότητας του συνολικού έργου της εκτροπής των υδάτων του ποταμού Αχελώου και της συμβατότητας των άρθρων 9 και 13 του Ν. 3481/2006 προς τις οδηγίες 2000/60/ΕΚ, 85/337/ΕΟΚ, 97/11/ΕΚ, 2001/42/ΕΚ και 92/43/ΕΟΚ.
Η σχετική αίτηση ακύρωσης ενώπιον του ΣτΕ είχε κατατεθεί από τη Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Αιτωλοακαρνανίας, την Τοπική Ένωση Δήμων και Κοινοτήτων Νομού Αιτωλοακαρνανίας, το Επιμελητήριο Αιτωλοακαρνανίας, τους δήμους Μεσολογγίου, Αγρινίου, Οινιαδών, Ινάχου, Αιτωλικού, την Ένωση Αγροτικών Συνεταιρισμών Αγρινίου, την αστική μη κερδοσκοπική εταιρεία με την επωνυμία «Αιτωλική Εταιρία Προστασίας Τοπίου και Περιβάλλοντος», την Αστική Εταιρεία με την επωνυμία «Ελληνική Εταιρεία για την προστασία του Περιβάλλοντος και της πολιτιστικής κληρονομιάς, το σωματείο «Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρεία», και την WWF Ελλάς.
