Με την ανακήρυξη της λίμνης της Καστοριάς ως περιοχής προστασίας της φύσης, στόχος είναι η διατήρηση της βιοποικιλότητας και του τοπίου, η διαχείριση των φυσικών και υδατικών πόρων και η προστασία της πολιτιστικής κληρονομιάς, σύμφωνα με το σχέδιο προεδρικού διατάγματος, το οποίο υπoγράφηκε από τoν υπουργό Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής, Γρηγόρη Τσάλτα και τους συναρμόδιους υπουργούς Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας, Γιάννη Στουρνάρα, και Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, Ναπολέοντα Μαραβέγια.
Για την αποτελεσματική διαχείριση της περιοχής, η προστασία της λίμνης κλιμακώνεται σε τρεις ζώνες και ειδικότερα, από τη «ζώνη απολύτου προστασίας» ως την «περιφερειακή ζώνη».
Έτσι στη “ζώνη Α”, τη «ζώνη απολύτου προστασίας», επιτρέπονται αποκλειστικά και μόνον η επιστημονική έρευνα και παρακολούθηση των οικολογικών παραμέτρων, η περιβαλλοντική ευαισθητοποίηση, η συντήρηση των υφιστάμενων οδών, δραστηριότητες προστατευτικές για το δάσος και την ισορροπία του οικοσυστήματος και η αγροτική παραγωγή, με τρόπο που συμβάλλει στην ορθή διαχείριση των οικοσυστημάτων.
Στη “ζώνη Β” επιτρέπονται, επιπλέον, η αναψυχή με τις κατάλληλες υποδομές της, η αλιεία, η συντήρηση των πολιτιστικών μνημείων, η συντήρηση και εκσυγχρονισμός υφιστάμενων υποδομών κοινής ωφελείας και οι εγκαταστάσεις ανανεώσιμων πηγών ενέργειας, εκτός των ανεμογεννητριών.
Στην «περιφερειακή ζώνη» λαμβάνουν χώρα οι ανθρώπινες δραστηριότητες, όπως η διαχείριση νερών, δόμηση, αναψυχή, αλιεία, γεωργία, κ.ά., οι οποίες καθορίζονται με τρόπο συμβατό με τον περιβαλλοντικό και πολιτιστικό χαρακτήρα της περιοχής και σύμφωνα με τις αρχές της βιώσιμης ανάπτυξης.
Με αυτό τον τρόπο, το ΥΠΕΚΑ επιδιώκει, μεταξύ άλλων, την προστασία και διατήρηση του λιμναίου και χερσαίου περιβάλλοντος, τη διατήρηση της ορνιθοπανίδας και την προστασία σπάνιων και απειλούμενων ειδών, όπως επίσης και τη διατήρηση της φυσικότητας και της αντιπροσωπευτικότητας της λίμνης.
Επίσης, στόχος είναι η οργάνωση, διαχείριση και ανάδειξη των φυσικών πόρων, όπως και η οργάνωση της βιώσιμης ανάπτυξης μέσω της ορθολογικής χρήσης των φυσικών πόρων. Σημαντικός στόχος είναι ακόμη, η ανάδειξη του λιμναίου προϊστορικού οικισμού του Δισπηλιού και όλων των κηρυγμένων αρχαιολογικών χώρων, καθώς και η ανάπτυξη υποδομών παραγωγής ενέργειας φιλικών προς το περιβάλλον.
Παράλληλα, ιδρύεται ο φορέας διαχείρισης της προστατευόμενης περιοχής με μέλη ειδικούς επιστήμονες και εκπροσώπους των αρμόδιων υπηρεσιών, των οικείων ΟΤΑ και των Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων.
Όσον αφορά το σχέδιο του έτερου προεδρικού διατάγματος για τους 380 μικρούς νησιωτικούς υγροτόπους, με έκταση κάτω των 80 στρεμμάτων, σύμφωνα με το ΥΠΕΚΑ, επιτρέπονται δραστηριότητες για την προστασία και την ανάδειξή τους, καθώς και για την αειφορική διαχείριση των πόρων τους. Δεν επιτρέπεται η δόμηση, εκτός των ήδη αδειοδοτημένων κτιρίων, οι εκχερσώσεις της φυσικής βλάστησης, οι αποξηράνσεις και οι επιχωματώσεις, οι εξορύξεις, η συλλογή των οργανισμών των υγροτόπων και οι γεωτρήσεις, όπως αναφέρει το ΥΠΕΚΑ.
Τα δύο Προεδρικά Διατάγματα, έχουν προταθεί για υπογραφή στον Πρόεδρο της Δημοκρατίας, ύστερα από τοπική διαβούλευση και νομική επεξεργασία τους από το Συμβούλιο Επικρατείας και θα δημοσιευθούν στο φύλλο της Εφημερίδας της Κυβερνήσεως το επόμενο διάστημα.