50 χρόνια υφίσταται τη ληστρική ανθρώπινη εκμετάλλευση με ευθύνη της κεντρικής εξουσίας, της αυτοδιοίκησης, αλλά και τη συνενοχή της τοπικής κοινωνίας.
Μια από τις βαθύτερες λίμνες της Ελλάδας, η Βεγορίτιδα, που έχει σημαντική οικολογική αξία, λόγω της ορνιθοπανίδας και των οικοτόπων, σβήνει μέρα με την ημέρα (Natura 2000). Σύμφωνα με μετρήσεις του ΙΓΜΕ έχει χάσει το 65 % του όγκου της, ενώ η στάθμη της έπεσε κατά 32 μέτρα περίπου. Αιτίες για τη πτώση της στάθμης της, η εκτροπή τεράστιων ποσοτήτων προς τον ΥΗΣ Άγρα στο Ν. Πέλλης, η άντληση μεγάλων ποσοτήτων νερού για τον ΑΗΣ της ΔΕΗ στο Αμύνταιο (μέχρι το 1997), καθώς και οι πολλές και ανεξέλεγκτες αρδευτικές γεωτρήσεις. Με συνέπεια βέβαια τη ποσοτική και ποιοτική υποβάθμισης της λίμνης, και φυσικά τη μείωση της ιχθυοπαραγωγής και σοβαρή συρρίκνωση των πληθυσμών της πρασινοκέφαλης πάπιας και του κορήγονου.
Η παράνομη και άστοχη επέκταση των καλλιεργειών στις παρυφές της λίμνης, αύξησε την κατανάλωση νερού και άνοιξε τις ορέξεις για νέες διεκδικήσεις μέσω “συλλόγων ακτημόνων” και ατομικές καταπατήσεις. Οι καταπατητές είναι μόνιμος πονοκέφαλος για όλες σχεδόν τις λίμνες του Αμυνταίου, καθώς χρησιμοποιούν κάθε μέσο για να επιτύχουν το σκοπό τους. Τα τελευταία χρόνια η κατάσταση έχει επιδεινωθεί, καθώς μερικά χωριά άρχισαν καταπατήσεις, υπολογίζεται περίπου16.000 στρέμματα, που αποκαλύφτηκαν από τη συρρίκνωση της λίμνης. Ενώ δεν έχει γίνει η οριστική διανομή των νέων γαιών, πυκνώνουν τα κρούσματα αυθαίρετων καλλιεργειών και φυτεύσεων, αλλά και τα κρούσματα καύσης των καλαμιώνων, ώστε να απελευθερωθούν νέα εδάφη. Οι καλαμιώνες βασικό και αναντικατάστατο στοιχείο του οικοσυστήματος της λίμνης, καθώς αποτελούν τροφή για τα πουλιά, αλλά και καταφύγιο για τα ψάρια, αλλά και κατάλληλοι τόποι αναπαραγωγής. Η καταστροφή τους είναι παράνομη και πρέπει να τιμωρείται παραδειγματικά.
Εδώ και χρόνια έπρεπε να γίνει το αυτονόητο, δηλαδή η ίδρυση και λειτουργία Φορέα Διαχείρισης των λιμνών Αμυνταίου.
