Οι περιβαλλοντικές οργανώσεις αντιτάσσονται στη παράτυπη κατασκευή αγωγού λυμάτων προς τις εγκαταστάσεις του βιολογικού καθαρισμού της πόλης του Ρεθύμνου. Σύμφωνα με ειδικούς τα έργα θα αποτελέσουν απειλή για τον τρίτο σε σημασία πανευρωπαϊκά βιότοπο αναπαραγωγής της θαλάσσιας χελώνας Caretta caretta στην παραλία Ρεθύμνου. Οι οργανώσεις ΑΡΧΕΛΩΝ και Ελληνική Εταιρεία Προστασίας της Φύσης, καταγγέλλουν ότι η κατασκευή του αγωγού γίνεται πάνω στην παραλία και όχι κατά μήκος του υπάρχοντος δρόμου, με αποτέλεσμα σοβαρή και μη αντιστρεπτή αλλοίωση του βιοτόπου της θαλάσσιας χελώνας. Επίσης το έργο προκαλεί ζημία των τοπικών οικονομικών δραστηριοτήτων. Η περιοχή διαθέτει πολλές τουριστικές επιχειρήσεις, με τις οποίες περιβαλλοντικές ΜΚΟ συνεργάζονται στενά κάθε καλοκαίρι, ώστε χελώνες και επισκέπτες των ακτών να συμβιώνουν και να μοιράζονται την ίδια παραλία.
Για την ανάγκη μεταφοράς λυμάτων στις εγκαταστάσεις του βιολογικού καθαρισμού Ρεθύμνου, σχεδιάστηκε και εγκρίθηκε από τις αρμόδιες αρχές η κατασκευή αγωγού 20 χλμ. και 11 αντλιοστάσια από μπετόν, κατά μήκος του δρόμου, που βρίσκεται πάνω από τη συγκεκριμένη παραλία. Οι Οικολόγοι Πράσινοι φέρνουν το θέμα στο Ευρωκοινοβούλιο με ερώτησή τους και ο ευρωβουλευτής κ.Τρεμόπουλος εξηγεί: «Η προστασία του τόσο σημαντικού αυτού βιότοπου δεν έρχεται σε αντιπαράθεση ούτε με τη λειτουργία του βιολογικού καθαρισμού, ούτε με τις υπεύθυνες τουριστικές επιχειρήσεις. Το πρόβλημα εμφανίζεται από τη στιγμή, που με μια κοντόφθαλμη λογική εύκολου κέρδους κάποιοι επιλέγουν να περάσουν τον αγωγό λυμάτων όχι από τον υφιστάμενο δρόμο, όπως προβλέπει η εγκεκριμένη Μελέτη Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων, αλλά από την ίδια την παραλία». Το τμήμα της παραλίας από τη Σκαλέτα μέχρι την πόλη του Ρεθύμνου είναι βιότοπος αναπαραγωγής της θαλάσσιας χελώνας Caretta caretta με μέσο όρο ετησίου αριθμού 387 φωλιών, κι έχει ενταχθεί στο ευρωπαϊκό δίκτυο NATURA 2000 (κωδικός GR4330004).
