Ευρωπαίοι ελεγκτές σε πέντε συνολικά αποστολές τους στην Ελλάδα, διαπίστωσαν ότι υπήρχαν σημαντικές ελλείψεις στο σύστημα για την ασφαλή διαχείριση ζωικών υποπροϊόντων, τη λειτουργία των μονάδων, τους επίσημους ελέγχους, καθώς και την αποτέφρωση του υλικού, που είναι ειδικού κινδύνου. Ήδη πολυσέλιδη έκθεση της Κομισιόν, που είχε δημοσιευθεί στις 29 Ιανουαρίου 2010, χαρακτήριζε χαώδη τη κατάσταση, που επικρατεί στα μη εγκεκριμένα σφαγεία, όπου εντοπίζονται σκουριασμένα εργαλεία, ακατάλληλα δοχεία για τη μεταφορά των εντοσθίων, επιφάνειες καλυμμένες με μούχλα και ζωντανοί αρουραίοι, που κόβουν βόλτες δίπλα στα νωπά κρέατα. Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο καταδίκασε την Ελλάδα, για τη μη πλήρη εφαρμογή των κοινοτικών Οδηγιών και Νόμων, σχετικά με την απόρριψη και την ασφαλή ταφή των ζωικών υποπροϊόντων. Έλεγχοι πραγματοποιήθηκαν τον Ιούνιο και τον Ιούλιο του 2009 και επιθεωρήθηκαν εννέα σφαγεία, εκ των οποίων τα έξι ήταν μη εγκεκριμένα. Στην έκθεση της Διεύθυνσης Υγείας και Προστασίας Καταναλωτών της Κομισιόν επισημαίνεται ότι στην Ελλάδα συνεχίζουν να λειτουργούν 48 μη εγκεκριμένα σφαγεία. Επίσης οι ελεγκτές επισκέφθηκαν τέσσερις εγκαταστάσεις επεξεργασίας κρέατος, τρεις μονάδες επεξεργασίας γάλακτος και το κέντρο διανομής στο Ρέντη.
Στα τρία μη εγκεκριμένα σφαγεία εντοπίστηκαν σημαντικές ελλείψεις, όπως ανεπαρκή μέτρα προστασίας κατά των νοσογόνων ζώων, εκτός από τις ακαθαρσίες ποντικών, οι ελεγκτές εντόπισαν και ζωντανό αρουραίο. Το σύστημα αποστράγγισης δε λειτουργούσε κανονικά και απουσίαζαν φίλτρα, ενώ προβληματικό ήταν το σύστημα εξαερισμού. Εντύπωση στους ειδικούς προκάλεσε το γεγονός ότι σε μη εγκεκριμένο σφαγείο, οι χώροι όπου κατέληγαν τα άρρωστα ή ύποπτα για αρρώστιες ζώα δεν διαχωρίζονταν επαρκώς, χωρίς να υπάρχουν ξεχωριστά αποστραγγιστικά συστήματα, καθιστώντας πιθανή τη μετάδοση ασθενειών. Οι παλαιές εγκαταστάσεις της κρεαταγοράς του Ρέντη, έχουν χαρακτηριστεί προβληματικές σύμφωνα με την έκθεση της Κομισιόν, όπως προέκυψε από τις επιθεωρήσεις των Ευρωπαίων ελεγκτών σε επιχειρήσεις, οι οποίες δεν πληρούσαν τις προϋποθέσεις γενικής και ειδικής υγιεινής. Σύμφωνα με περιβαλλοντικές οργανώσεις, οι ελεγκτές σημείωσαν στην έκθεση τους ότι κατά τη διάρκεια των ελέγχων που έκαναν, διαπίστωσαν ότι η Ελλάδα δεν μπόρεσε να αποδείξει με απτά στοιχεία, ότι είναι σε θέση να διασφαλίσει στην πράξη την τήρηση των υποχρεώσεων που απορρέουν από τον κοινοτικό κανονισμό Ε.Κ. 1774/2002, για τον καθορισμό υγειονομικών κανόνων σχετικά με τα ζωικά υποπροϊόντα, που δεν προορίζονται για κατανάλωση από τον άνθρωπο.