Στις 22 Οκτωβρίου εκλεγόταν νέος Γραμματέας του κόμματος ο Σωκράτης Ξυνίδης, αλλά με λιγότερες από τις μισές ψήφους του Εθνικού Συμβουλίου (180 σε σύνολο 374). Η ερμηνεία που δόθηκε, ήταν ότι το λεγόμενο “βαθύ” ΠΑΣΟΚ αντιδρούσε με αυτό τον τρόπο στην διαδικασία επιλογής γενικών γραμματέων και διοικητών οργανισμών μέσω βιογραφικών στο Ιντερνετ και όχι από την κομματική δεξαμενή. Το θέμα εξακολουθεί να προκαλεί τριβές και δυσλειτουργίες (ακόμη δεν έχουν οριστεί όλοι οι γενικοί γραμματείς) με αποκορύφωμα την υπόθεση Κουτούπη που ορίστηκε γ.γ. του Υπουργείου Οικονομικών λόγω βιογραφικού, αλλά απομακρύνθηκε εντός 24ώρου λόγω των ειρωνικών σχολίων του για το ΠΑΣΟΚ στο Facebook.
Η πρώτη επίσημη υπαναχώρηση από τις προεκλογικές θέσεις του ΠΑΣΟΚ καταγράφηκε στις 5 Νοεμβρίου, όταν ο υφυπουργός μεταφορών Ν.Σηφουνάκης απέκλεισε το ενδεχόμενο να διεκδικήσει το Δημόσιο διαφορετικό ρόλο στον ΟΤΕ ή την Ολυμπιακή.
Μόλις 69 μέρες μετά την ορκωμοσία της, η κυβέρνηση κατέγραφε το πρώτο “θύμα” της. Ο υφυπουργός εσωτερικών Ντ.Ρόβλιας υπέβαλε την παραίτησή του, μετά την αποκάλυψη ότι το γραφείο του διεκπεραίωνε ρουσφέτια ψηφοφόρων του.
Η συνοχή της κυβέρνησης απειλήθηκε γιά πρώτη φορά στο θέμα του ΟΛΠ και της “χρυσής” εθελούσιας εξόδου που συμφωνήθηκε με τους εργαζομένους, προκαλώντας “έκρηξη” Λοβέρδου και Διαμαντοπούλου κατά της Λ.Κατσέλη. Σχεδόν ταυτόχρονα η Υπουργός Οικονομίας δεχόταν τα πυρά του νέου Προέδρου της Εθνικής Τράπεζας γιά το νομοσχέδιο περί υπερχρεωμένων νοικοκυριών.
Λίγες μέρες αργότερα ο κυβερνητικός εκπρόσωπος θα “άδειαζε” την Λ.Κατσέλη γιά το θέμα του ενιαίου ΦΠΑ, ενώ νέο μέτωπο άνοιγε η αιφνιδιαστική κατάθεση τροπολογίας από τον Γ.Παπακωνσταντίνου γιά τον φόρο γονικών παροχών και την αύξηση των τελών στα τσιγάρα. Το θέμα των γονικών παροχών -που παρέπεμπε στο απώτερο μέλλον γιά να μάθει ο ενδιαφερόμενος πως θα φορολογηθεί- προκάλεσε την διαφοροποίηση του Ε.Βενιζέλου γιά το θέμα της αναδρομικότητας του φόρου, που οδήγησε τον υπουργό Οικονομικών να πει ότι θα δώσει διευκρινίσεις για τον φόρο.
Το θέμα των τσιγάρων αποδείχθηκε ακόμη ένα “λάθος”, αφού από μία λάθος διατύπωση στην τροπολογία, αποκαλύφθηκε από τους ιδιοκτήτες περιπτέρων ότι το “ακριβό” πακέτο των 3,20 ευρώ δεν θα έφτανε απλώς τα 3,61 ευρώ που υπολόγιζε το Υπουργείο, αλλά στα 5,40 ευρώ! Νέα αναδίπλωση από τον Γ.Παπακωνσταντίνου, που υποσχέθηκε τροποποίηση της τροπολογίας. Όμως και το γεγονός ότι η τροπολογία κατατέθηκε σε άσχετο νομοσχέδιο έκανε τον Χ.Παπουτσή να “ξαναχτυπήσει”. Στις ενδοκυβερνητικές αντιπαραθέσεις περίοπτη θέση παίρνει και η κόντρα Βενιζέλου-Ραγκούση στο υπουργικό συμβούλιο γιά το σχέδιο “Καλλικράτης”.