Κατά τον Δήμαρχο Θεσσαλονίκης «ο πλήρης διαχωρισμός της Εκκλησίας από το Κράτος είναι περισσότερο από ποτέ επίκαιρος». Τον εξισώνει μάλιστα με «προοπτική ανάστασης της Εκκλησίας».
Το σκεπτικό που αναπτύσσει ο κ. Μπουτάρης είναι σχεδόν ταυτόσημο με αυτό που υιοθετούν πολλοί στο εσωτερικό της Εκκλησίας, ακόμη και Ιεράρχες, σύμφωνα με το οποίο η Εκκλησία έχει πολλά να κερδίσει από τον χωρισμό της από το Κράτος.