Η απουσία Νικολούδη από το νέο κυβερνητικό σχήμα ίσως ήταν η μεγαλύτερη έκπληξη. Κανείς δεν περίμενε ότι ο υπουργός Επικρατείας δεν θα ήταν και στη νέα κυβέρνηση στην ίδια θέση.
Ομως, άλλαι αι βουλαί όσων συμμετείχαν στη διαμόρφωση της νέας κυβέρνησης. Οι έχοντες γνώση του παρασκηνίου υποστηρίζουν ότι από τον περασμένο Μάιο είχε αρχίσει να υπάρχει μία υφέρπουσα δυσαρέσκεια προς τον υπουργό Επικρατείας, παρότι ο Αλέξης Τσίπρας συνεχίζει να εκτιμά τόσο τον ίδιο όσο και το έργο που έχει επιτελέσει.
Οι λόγος της δυσαρέσκειας αφορά στη διαχείριση των θεμάτων που ο Παναγιώτης Νικολούδης ερευνούσε. Το Μέγαρο Μαξίμου, αλλά και άλλα στελέχη της κυβέρνησης επιθυμούσαν να στέλνονται στη Δικαιοσύνη και να γνωστοποιούνται ξεχωριστά και μόλις κάθε μία από αυτές ολοκληρωνόταν, οι υποθέσεις διαφθοράς, “ξεπλύματος βρώμικου χρήματος”, και γενικώς οι φάκελοι που χειριζόταν ο πρώην πλέον υπουργός Επικρατείας .
Αντιθέτως ο Παναγιώτης Νικολούδης ήθελε και τελικά έπραξε, να ολοκληρώσει το σύνολο των ερευνών ανά κατηγορία και να περάσουν στο επόμενο στάδιο όλες μαζί, όπως για παράδειγμα έγινε με τα θαλασσοδάνεια της Αγροτικής Τράπεζας.
Η τακτική αυτή, θεωρούν στην κυβέρνηση, ότι στέρησε από το ΣΥΡΙΖΑ το θετικό αντίκτυπο που θα δημιουργούσε η σταδιακή έστω προώθηση των φακέλων στη δικαιοσύνη και η δημοσιοποίησή τους. Από την πλευρά του ο υπουργός δεν επιθυμούσε οποιαδήποτε επικοινωνιακή ή πολιτική εκμετάλλευση των υποθέσεων.
Και επειδή οι “καυτές” υποθέσεις θα μπορούσαν ακόμα και τώρα να χρησιμοποιηθούν ως επικοινωνιακό αντίβαρο στις δύσκολες αποφάσεις και τα επώδυνα μέτρα (φορολογία, ασφαλιστικό, εργασιακά και άλλες μνημονιακές δεσμεύσεις), πράγμα στο οποίο μάλλον δεν θα συναινούσε ο Παναγιώτης Νικολούδης, κρίθηκε ότι θα ήταν καλύτερο να επιστρέψει στην προηγούμενη θέση του.
Εξάλλου, άλλες πληροφορίες αναφέρουν ότι τον τελευταίο καιρό είχε και ο ίδιος εκφράσει την επιθυμία να επιστρέψει στα δικαστικά του καθήκοντα.