Κατάγεται από τη Σητεία και θείος του ήταν ο επίσης βουλευτής Λασιθίου Μιχαήλ Χλουβεράκης. Ο Γιάννης Πλακιωτάκης έχει σπουδάσει Βιοχημικός Μηχανικός στο Πανεπιστήμιο της Ουαλίας. Κατέχει μεταπτυχιακούς τίτλους στη Βιοχημική Μηχανική στο Πανεπιστήμιο του Λονδίνου και στη Διοίκηση Επιχειρήσεων στο City University Business School. Στα νεανικά του χρόνια ήταν αθλητής του Σ.Α.Ο.
Το 1987 εντάχθηκε στη ΝΔ. Διετέλεσε δημοτικός σύμβουλος (1998-2002) στο Δήμο Σητείας και το 2001 έγινε μέλος της επιτροπής Τουρισμού. Εξελέγη για πρώτη φορά βουλευτής στο Λασίθι με τη ΝΔ στις εκλογές του 2004. Επανεξελέγη στις εκλογές των ετών 2007, 2009 και σε εκείνες του Μαΐου και Ιουνίου του 2012. Στις περιφερειακές εκλογές του 2010 ο Πλακιωτάκης κατήλθε ως υποψήφιος με τη ΝΔ, ηττήθηκε όμως από το Σταύρο Αρναουτάκη του ΠΑΣΟΚ, κατατασσόμενος στην τρίτη θέση με ποσοστό 14,88% στον πρώτο γύρο. Επανεξελέγη βουλευτής με 6.274 σταυρούς στις βουλευτικές εκλογές του Ιανουαρίου του 2015.
Την 1η Φεβρουαρίου 2015 με απόφαση του αρχηγού της Νέας Δημοκρατίας Αντώνη Σαμαρά προτάθηκε για τη θέση του νέου γενικού γραμματέα της Κοινοβουλευτικής Ομάδας του κόμματος. Ο Γιάννης Πλακιωτάκης επανεξελέγη βουλευτής στις βουλευτικές εκλογές του Σεπτεμβρίου του 2015, για 7η συνεχή θητεία στη Βουλή των Ελλήνων.
Με στοιχεία από την ΒΙΚΙΠΑΙΔΕΙΑ