Ήταν 29 Νομεβρίου του 2009 όπου για πρώτη φορά στην ιστορία του της ΝΔ η εκλογή θα γινόταν με ανοικτή διαδικασία από τα μέλη του, την αρχηγία θα διεκδικήσουν ο Αντώνης Σαμαράς, η Ντόρα Μπακογιάννη και ο Παναγιώτης Ψωμιάδης.
Ο Αντώνης Σαμαράς συγκέντρωσε 386.400 ψήφους που αντιστοιχούν στο 50,66% των ψήφων και η Ντόρα Μπακογιάννη 306.425 ψήφους (ποσοστό 39,72%). Ο Παναγιώτης Ψωμιάδης συγκέντρωσε 78.770 ψήφους.
Την Μαϊο του 2010 η κυβέρνηση Παπανδρέου φέρνει προς ψήφιση στη Βουλή το πρώτο Μνημόνιο. Ο κ. Σαμαράς αποφασίζει η ΝΔ να το καταψηφίσει επιβάλλοντας κομματική πειθαρχία. Μετά την ψηφοφορία η Ντόρα Μπακογιάννη τίθεται από τον κ. Σαμαράς εκτός ΝΔ λόγω της απόφασής της να υπερψηφίσει την νομοθετική διάταξη. Ενώ λίγες μέρες αργότερα ο κ. Σαμαράς με δήλωσή του από τα σκαλιά τβς Ρηγίλλης θα πάρει αποστάσεις από τα πεπραγμένα των κυβερήσεων Καραμανλή 2004 – 2009 υποστηρίζοντας ότι “δεν απολογούμαι για το χθες, δεν θα απολογούμαι για νοοτροπίες και συμπεριφορές τύπου Παυλίδη ή Βουλγαράκη ή Ρουσόπουλου, όποιος, το ξεκαθαρίζω, έχει βλάψει την παράταξη δεν θα είναι μαζί μας, αλλά και δεν πρόκειται να αφήσω ποτέ κανέναν να στοχοποιηθεί άδικα”.
Από τον Μάιο του 2010 έως τον Νοέμβριο του 2011 ο απερχόμενος πρόεδρος της ΝΔ θα ακολουθήσει αντιμνημονιακή πολιτική ζητώντας την επαναδιαπραγμάτευση του Μνημονίου και της υιοθέτησης νέου μίγματος πολιτικής, προς την κατεύθυνση της λήψης αναπτυξιακών μέτρων και τόνωσης της αγοράς. Ενώ εκείνο το διάστημα τη στάση του αυτή θα χαρακτηριστεί από τα αδελφά ευρωπαϊκά κόμματα της ΝΔ ως το “μαύρο πρόβατο του ΕΛΚ”.
Τον Νοέμβριο του 2011 μετά το φιάσκο της πρότασης Παπανδρέου για δημοψήφισμα ο κ. Σαμαράς θα στηρίξει μαζί με το ΠΑΣΟΚ και το ΛΑΟΣ την κυβέρνηση Παπαδήμου ώστε να προχωρήσει στη σύναψη νέου δανείου χρηματοδότησης και μνημονίου
Στις 12 Φεβρουαρίου 2012 στη ψηφοφορία για τα μέτρα του «Μνημονίου 2» ώστε να εξακολουθήσει η χρηματοδότηση της Ελλάδας από νέα δανειακή σύμβαση, 20 από τους συνολικά 83 βουλευτές της Νέας Δημοκρατίας καταψήφισαν και ένας απείχε. Ο κ. Σαμαράς θα θέσει 21 συνολικά εκτός της “γαλάζιας” Κοινοβουλευτικής Ομάδας.
Στις εκλογές του Μαΐου του 2012 η ΝΔ αν και θα πάρει την πρώτη θέση θα πετύχει το χαμηλότερο ποσοστό στην ιστορίας της 18,85% των ψήφων. Οι εκλογές αυτές θα αποβούν άκαπρες ώστε να σχηματιστεί κυβέρνηση και επαναπροκηρύχτηκαν εκλογές για τις 17 Ιουνίου. Στο διάστημα αυτό τέθηκε εν αμφιβόλω και ως διακύβευμα των εκλογών η συνέχιση της συμμετοχής της Ελλάδας στην Ευρωζώνη και ο Αντώνης Σαμαράς παίρνει την πρωτοβουλία να καλέσει σε συστράτευση τις Κεντροδεξιές Φιλοευρωπαϊκές δυνάμεις. Έτσι η Ντόρα Μπακογιάννη που είχε διαγραφεί από τη Νέα Δημοκρατία και είχε ιδρύσει δικό της κόμμα ανταποκρίθηκε στο κάλεσμα και επέστρεψε στα ψηφοδέλτια της Νέας Δημοκρατίας και δήλωσε ανοιχτά τη στήριξή της στον Αντώνη Σαμαρά.
Στις 17 Ιουνίου η ΝΔ θα πάρει ποσοστό 29,66%, και θα προχωρήσει στο σχηματισμό κυβέρνησης ασυνεργασίας με το ΠΑΣΟΚ και τη ΔΗΜΑΡ. Ο κ. Σαμαράς θα ορκιστεί στις 20 Ιουνίου ως ο 13ος Πρωθυπουργός της μεταπολίτευσης.
Από τις χαρακτηριστικότερες στιγμές της πρωθυπουργίας του αποτελεί το πρώτο του ταξίδι ως πρωθυπουργός στο Βερολίνο τον Αύγουστο του 2012 όπου στη συνάντηση που είχε με την Καγκέλάριο Άνγκελα Μέρκελ, όπου του επισημάνθηκε ότι δεν είχαν εκπληρωθεί 72 δράσεις που είχε αναλάβει η ελληνική κυβέρνηση με την υπογραφή του πρώτου μνημονίου πριν από περίπου δυο χρόνια. Η ελληνική πλευρά αγνοούσε την ύπαρξη των δράσεων αυτών και επιστρέφοντας στην Αθήνα διαπιστώθηκε ότι μόλις 12 από τις 72 είχαν πραγματοποιηθεί. Στη συνάντηση με τη Μέρκελ στην Καγκελαρία, ο Σαμαράς είχε δεσμευτεί ότι οι δράσεις θα είχαν πραγματοποιηθεί μέχρι το Eurogroup του ερχόμενου Νοεμβρίου. Το 80% των δράσεων αυτών, στις οποίες συμπεριλαμβάνονταν δημοσιονομικές περικοπές ύψους 7,3% του ΑΕΠ, ολοκληρώθηκε μέχρι τον Οκτώβριο και η τελευταία μόλις 12 ώρες πριν το Eurogroup του Νοεμβρίου.
Τον Ιούνιο του 2013 η κυβέρνηση Σαμαρά θα αποφασίσει στα πλαίσια της αυστηρής δημοσιονομικής πολιτικής που ακολουθεί το αιφνίδιο κλείσιμο ΕΡΤ. Μια απόφαση που τελικά θα οδηγήσει στην έξοδο από τη συγκυβέρνηση της ΔΗΜΑΡ.
Σοκ για την κυβέρνηση Σαμαρά θα αποτελέσει τον Απρίλιο του 2014 η δημοσιοποίηση υποκλαπείσας βιντεοσκοπημένης συνομιλίας του τοτε γεινικού γραμματέα της κυβέρνησης Τάκη Μπαλτάκου με τον υπόδικο βουλευτή της Χρυσής Αυγής Ηλία Κασιδιάρη. Είναι χαρακτηριστικό ότι την ώρα που δημοσιοπούνταν η συνομιλία ο κ. Σαμαράς βρισκόταν σε κομματική σύσκεψη στη Συγγρού όπου μετά τη σύσκεψη δήλωσε «ο κ. Μπαλτάκος δεν έχει θέση στην κυβέρνηση».
Το ταξίδι στο Βερολίνο
Για πολλούς το ταξίδι αυτό αποτέλεσε την αρχή του τέλους της κυβέρνησης Σαμαρά καθώς η Καγκελάριος Άνγκελα Μέρκελ έβαλε φρένο στις προσδοκίες της τότε κυβέρνησης για το κλείσιμο της πέμπτης αξιολόγησης του δεύτερου μνημονίου.
Μετά από δυο μήνες τον Δεκέμβριο θα επισπεύσει την προεδρική εκλογή και θα προτείνει για υποψήφιο πρόεδρο τον Σταύρο Δήμα. Στις 29 Δεκεμβρίου 2014, δυόμιση χρόνια μετά την ανάδειξή του στην πρωθυπουργία της Ελλάδας και αμέσως μετά την τρίτη και τελευταία αποτυχημένη ψηφοφορία στη Βουλή για την εκλογή νέου Προέδρου της Δημοκρατίας, ο Αντώνης Σαμαράς ανακοίνωσε την διεξαγωγή πρόωρων εκλογών για τις 25 Ιανουαρίου.
Στις εκλογές της 25ης Ιανουαρίου η ΝΔ θα χάσει και θα πάρει τη δεύτερη θέση με 27,81% των ψήφων.
Ο Αντώνης Σαμαράς ως πρωθυπουργός έχει μιλησει μόλις πέντε φορές στο Κοινοβούλιο ενω δεν είχε απαντήσει ποτέ σε επίκαιρες ερωτήσεις των αρχηγών της αντιπολίτευσης. Ενώ κατήργησε άτυπα την “ώρα του πρωθυπουργού”.
Το υπουργικό συμβούλιο είχε συνεδριάσει δύο φορές για πολιτικά ζητήματα και πέντε φορές για διαδικαστικούς ή εθιμοτυπικούς λόγους, ενώ είχαν εκδοθεί 25 πράξεις νομοθετικού περιεχομένου. Έτσι φτάσαμε στις 5 Ιουλίου του 2015 όπου μετά το αποτέλεσμα του δημοψηφίσματος και την καθολική επικράτηση του ΟΧΙ, ο Αντώνης Σαμαράς αποφάσισς την παραίτησή του απο τον αρχηγικό θώκο της ΝΔ.