Το δικό της Αρχαιολογικό Μουσείο απέκτησε η Κύθνος, όπως έγινε γνωστό με ανακοίνωση του υπουργείου Πολιτισμού. Το μουσείο εγκαινιάστηκε από την υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού Λίνα Μενδώνη.
Όπως αναφέρει ανακοίνωση του υπουργείο το Αρχαιολογικό Μουσείο Κύθνου, ήταν «ένα όραμα για τους κατοίκους του νησιού που περίμεναν να πραγματοποιηθεί τριάντα ολόκληρα χρόνια», όπως αναφέρει σημερινή ανακοίνωση του ΥΠΠΟΑ.
Το Μουσείο στεγάζεται στο παλαιό, μονοτάξιο, Δημοτικό Σχολείο της Χώρας, σε κτήρια που κατασκευάστηκαν σύμφωνα με το πρώτο κρατικό πρόγραμμα κατασκευής σχολείων (Βασιλικό Διάταγμα του 1894), σε σχέδια του νομομηχανικού Δημήτρη Καλλία, τα οποία παραχωρήθηκαν από τον Δήμο Κύθνου στο ΥΠΠΟΑ. Η δημιουργία του μουσείου υλοποιήθηκε με χρηματοδότηση από το Περιφερειακό Πρόγραμμα ΕΣΠΑ 2014-2021 της Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου και προϋπολογισμό 1.600.000 ευρώ.
Όπως δήλωσε η Λίνα Μενδώνη, «το 1994, μαζί με τον Αλέξανδρο Μαζαράκη-Αινιάν, οργανώσαμε ένα συνέδριο με θέμα την Κέα και την Κύθνο. Στο κείμενο των συμπερασμάτων, όλοι οι σύνεδροι κατέληγαν σε αυτό που ήταν η επιθυμία των νησιωτών: Να δημιουργηθεί ένα αρχαιολογικό μουσείο στο νησί τους. Τριάντα χρόνια μετά, το όνειρο αυτό γίνεται πραγματικότητα χάρη στη βούληση του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού, στην εργατικότητα των συναδέλφων μου στην Εφορεία Αρχαιοτήτων Κυκλάδων, στην Αρχαιολογική Υπηρεσία, στην Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου και στον Περιφερειάρχη Γιώργο Χατζημάρκο, ο οποίος το 2016 ενστερνίστηκε την επιθυμία των κατοίκων της Κύθνου και ξεκίνησε την διαδικασία για την ένταξη του στο ΕΣΠΑ 2014-2021. Σήμερα, εγκαινιάζουμε το 16ο μουσείο της πρώτης τετραετίας της κυβέρνησης του Κυριάκου Μητσοτάκη. Με μεγάλη χαρά, σήμερα, το ΥΠΠΟΑ αποδίδει στην Κύθνο το πρώτο αρχαιολογικό μουσείο της», πρόσθεσε, μεταξύ άλλων, η υπουργός.
Το αρχαιολογικό υλικό της έκθεσης προέρχεται από τις έως τώρα ανασκαφές σε σημαντικές θέσεις της Κύθνου, όπως στην αρχαία πόλη και στον πρώιμο οικισμό του Μαρουλά, οι οποίες πραγματοποιούνται από τη δεκαετία του ’90 από τον Αλέξανδρο Μαζαράκη-Αινιάν.
Πιο συγκεκριμένα, τα εκθέματα προέρχονται από την συστηματική επιφανειακή έρευνα και τις ανασκαφές στην αρχαία πόλη (Βρυόκαστρο), από περισυλλογές και σωστικού χαρακτήρα επεμβάσεις στην ύπαιθρο (αγροικία στα Μαϊστράλια, εξωαστικό ιερό στην Αγία Μαρίνα), από περισυλλογές διάσπαρτων ευρημάτων -κυρίως αρχιτεκτονικών μελών όλων των περιόδων από διάφορες θέσεις του νησιού-, και από την ανασκαφή στη μεσολιθική εγκατάσταση του Μαρουλά.
Στα εγκαίνια του Αρχαιολογικού Μουσείου Κύθνου παρευρέθηκαν, ο Περιφερειάρχης Νοτίου Αιγαίου Γιώργος Χαζημάρκος, ο Αντιπεριφερειάρχης Κυκλάδων Γιώργος Λεονταρίτης, ο Δήμαρχος Κύθνου Σταμάτης Γαρδέρης και ο προϊστάμενος της Εφορείας Αρχαιοτήτων Κυκλάδων Δημήτρης Αθανασούλης.