Βρίσκεται στην αρχή της οδού Βελισσαρίου, στην καρδιά της Παλιάς Πόλης της Κέρκυρας, στην περιοχή Εβραϊκή. Η εκκλησία που είναι φτιαγμένη από ξύλο και μάρμαρο αποτελεί ένα μοναδικό κομψοτέχνημα που φέρει την αρχιτεκτονική σφραγίδα του γνωστού σε όλο τον δυτικό κόσμο, τον 19ο αιώνα, Κερκυραίου αρχιτέκτονα Ιωάννη Χρόνη.
Σύμφωνα με ιστορικά στοιχεία, ο ναός, αρχικά, ήταν χτισμένος δίπλα στην αψίδα της «βασιλικής Πύλης» Πόρτα Ριάλα (Porta Reale), Πορταριάλα, όπως την έλεγαν οι Κερκυραίοι, που αποτελούσε τον 16ο αιώνα την κύρια είσοδο στην πόλη από το εσωτερικό του νησιού.
Ο αρχικός ναός που ήταν αφιερωμένος στη Σοφία του Θεού, την Αγάπη, την Πίστη και την Ελπίδα, φέρεται πως χτίστηκε το 1650, από τον ιερέα Αυγουστίνο Δενόρη. Μετά το 1700 πέρασε στην ιδιοκτησία της οικογένειας Γαβαλά. Όμως, με το πέρας των χρόνων η εκκλησία εγκαταλείφθηκε. Στη σημερινή της θέση και μορφή υπάρχει από το 1848. Την εκκλησία ανακαίνισαν, με προσωπική εργασία, οι συντεχνίες των κτιστών και ξυλουργών της εποχής οι οποίοι στο όνομα της Αγίας Σοφίας πρόσθεσαν και τον Άγιο Ιωσήφ τον Μνήστορο, καθώς ήταν ο προστάτης τους. Ο ναός ακολουθεί τα αναγεννησιακά πρότυπα και έχει τον τύπο της μονόκλιτης βασιλικής που διατηρεί στο εσωτερικό της την ιδιοτυπία ενός περιμετρικού διαδρόμου σε σχήμα Π.
Η όψη της είναι λιτή, με κωδωνοστάσιο επτανησιακού τύπου, όμως στο πλούσια διακοσμημένο εσωτερικό της ξεχωρίζουν το χτιστό τέμπλο με τη λαξευτή διακόσμηση, οι μεγάλου μεγέθους εικόνες και η αγιογραφημένη οροφή.
Ο γυναικωνίτης που βρίσκεται απέναντι από το ιερό, σε πολύ ψηλό επίπεδο, είναι σχεδόν απομονωμένος από τον ναό, με ξύλινο κιγκλίδωμα, ενώ χρησιμοποιείται και για τη χορωδία του ναού.
Ο ιερός ναός της Αγίας Σοφίας και του Αγίου Ιωσήφ αποτελεί ένα από τα μοναδικά μνημεία ναοδομίας του 19ου αιώνα στο νησί. Στον ναό σώζονται εικόνες και κειμήλια ανεκτίμητης ιστορικής αξίας, όπως ένα ευαγγέλιο με ασημένια επένδυση του 1824, ένα ασημένιο θυμιατήρι της ίδιας εποχής, ασημένια καντήλια και ένας ασημένιος δίσκος του 1878, διάφορα άμφια και λειτουργικά, καθώς και πολλά αφιερώματα των πιστών.
Αρχές του 20ου αιώνα ο ιερός ναός ανακηρύχθηκε ως παρεκκλήσι του Αγίου Δημητρίου και αργότερα ως παρεκκλήσι του Αγίου Αντωνίου της Σπηλιάς. Από το 1990 λειτουργεί ως ενοριακός ναός και προσελκύει όλα τα βλέμματα των πιστών, αλλά και των επισκεπτών της πόλης της Κέρκυρας.
