H υπόθεση παραπέμπεται στο Δικαστήριο, ύστερα από σύσταση του Επιτρόπου, αρμόδιου για το περιβάλλον, Γιάνες Ποτότσνικ. H Επιτροπή κατηγορεί την Ελλάδα για μη εκπλήρωση των υποχρεώσεών της, όσον αφορά τη λίμνη, και οι οποίες απορρέουν από τις κοινοτικές οδηγίες για τα ενδιαιτήματα και τα πτηνά, την οδηγία για την επεξεργασία των αστικών λυμάτων και τις απορρίψεις επικίνδυνων ουσιών στο νερό.
Σύμφωνα με την ανακοίνωση του αρμόδιου για το περιβάλλον Επιτρόπου, “η λίμνη Κορώνεια αποτελεί διεθνώς σημαντικό υγρότοπο και έχει υποστεί σοβαρή υποβάθμιση λόγω ρύπανσης και παράνομων γεωτρήσεων, με σοβαρές συνέπειες για την τοπική πανίδα και χλωρίδα”.
Επιπλέον, τονίζει ότι παρ’ όλο που υπάρχει ολοκληρωμένο σχέδιο αποκατάστασης της λίμνης, με πολλές δράσεις εν μέρει χρηματοδοτούμενες από πόρους της ΕΕ, η πρόοδος που σημειώθηκε ήταν βραδεία. Το 2004 τέθηκε σε εφαρμογή συνολικό σχέδιο δράσης για την αποκατάσταση του υγροτόπου, ενώ κύριο μέρος των δράσεων συγχρηματοδοτήθηκε από πόρους της ΕΕ. Στις δράσεις αυτές συμπεριλαμβάνονται η βελτίωση των φυσικών χαρακτηριστικών της λίμνης (όπως η στάθμη και το βάθος του νερού), τα δίκτυα άρδευσης και η κατασκευή συστημάτων επεξεργασίας λυμάτων και άλλων υγρών αποβλήτων για τις γειτονικές αστικές περιοχές.
Προϋπόθεση για τη συγχρηματοδότηση της ΕΕ ήταν η ανάληψη συγκεκριμένης δράσης για τη σφράγιση παράνομων γεωτρήσεων και τον έλεγχο απορρίψεων αστικών και βιομηχανικών υγρών αποβλήτων στη λίμνη, ωστόσο, σύμφωνα με την Επιτροπή, πολλά από τα μέτρα εξακολουθούν να μην έχουν τεθεί σε εφαρμογή, ενώ οι περισσότεροι από τους όρους που τέθηκαν για τη χρηματοδότηση δεν έχουν τηρηθεί.
Ως εκ τούτου η Επιτροπή αποφάσισε να μην ανανεώσει, προς το παρόν, τη συγχρηματοδότηση για το σχέδιο δράσης στη λίμνη και τονίζει πως “λόγω ασήμαντης προόδου μέχρι τώρα”, αποφάσισε την προσαγωγή της Ελλάδας στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο. Μάλιστα, στο παρελθόν διαβιβάστηκε προειδοποιητική επιστολή, την οποία ακολούθησε αιτιολογημένη γνώμη το Μάιο του 2010.
Τέλος, στην ανακοίνωσή της η Επιτροπή τονίζει πως “πληγή” για τη λίμνη Κορώνειας ήταν η εκτεταμένη παράνομη απόληψη υδάτων για άρδευση, η οποία μείωσε δραστικά τη στάθμη νερού της λίμνης, όπου αρκετές εκατοντάδες οικογενειών ζούσαν παλαιότερα με την αλιεία. Η αλιεία και η κολύμβηση στη λίμνη δεν είναι πλέον δυνατά, καθώς η ρύπανση των υδάτων από ρύπους βιομηχανιών ή και πόλεων της γύρω περιοχής είναι σημαντική.